Informacje (el)
- Autor: ANNA LESZKOWSKA
- Odsłon: 3397
W Instytucie Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego w Warszawie na bazie istniejącego laboratorium powstała środowiskowa Pracownia Neurobiologii Molekularnej - jedno z pięciu nowych laboratoriów Centrum Neurobiologii. Będzie się w niej badać genomy i sposoby odczytywania zawartej w nich informacji o ludzkich komórkach.
„Nasza pracownia koncentruje się na wielkoskalowych badaniach genomów, podczas których staramy się analizować poziom regulacji wszystkich genów w genomie jednocześnie. Jako jedni z pierwszych na świecie, wkrótce będziemy prowadzić takie analizy na wyspecjalizowanych komórkach z tkanki mózgowej” - wyjaśnia prof. Bożena Kamińska-Kaczmarek. W najbliższych pięciu latach w Pracowni zostanie zsekwencjonowanych 150 ludzkich genomów.
W centrum zainteresowań badaczy z Instytutu Nenckiego znajdują się przede wszystkim stany patologiczne komórek, zwłaszcza transformacje nowotworowe. Takie transformacje zachodzą wskutek mutacji w genach, ale też wskutek efektów epigenetycznych, czyli zmian w środowisku chemicznym we wnętrzu komórki oraz w jej otoczeniu. Zmiany te mogą wpływać na sposób odczytywania informacji genetycznej.
Dotychczasowe strategie walki z nowotworami polegały na próbach ograniczania funkcji zmienionych genów i szukaniu sposobów zabijania komórki nowotworowej, bądź zahamowania jej namnażania. To trudne zadanie, bo wiele mutacji zwiększa żywotność i przeciwdziała śmierci komórkowej. W przeciwieństwie do mutacji w genach, które są nieodwracalne i nie da się ich skorygować, zmiany epigenetyczne można cofnąć. Dlatego od niedawna pojawiło się inne podejście w walce z nowotworami, stawiające na odszyfrowanie mechanizmów epigenetycznych zarówno w guzie, jak i w jego otoczeniu.
„Chcemy zrozumieć procesy chemiczne i biologiczne, które sprzyjają rozwojowi komórek nowotworowych. Dlaczego? Komórka nowotworowa kształtuje swoje otoczenie by wspierało jej wzrost, aktywnie hamuje układ odpornościowy. Zamiast atakować bezpośrednio komórkę rakową, możemy próbować przywrócić pierwotne cechy jej środowisku. W praktyce oznaczałoby to możliwość ograniczenia rozwoju nowotworu lub nawet jego likwidację”, stwierdza prof. Kamińska-Kaczmarek.
Badania w Pracowni Neurobiologii Molekularnej Instytutu Nenckiego, koncentrujące się na opracowaniu dokładnych map całych genomów różnych typów komórek w organizmie, są i będą prowadzone nie tylko na laboratoryjnych liniach komórkowych, takich jak komórki mysiego i szczurzego glejaka, ale także na komórkach z guzów ludzkiego mózgu. Jest to możliwe dzięki współpracy z Instytutem Psychiatrii i Neurobiologii w Warszawie oraz Centrum Zdrowia Dziecka, które przekazują do badań guzy mózgu usunięte pacjentom. Z guzów są izolowane różne typy komórek, w tym komórki inicjujące glejaki.
„Oczywiste pole zastosowań dla naszych badań to medycyna, zwłaszcza w zakresie poznawania mechanizmów patologii nowotworów mózgu. Ale nie tylko. Zmiany epigenetyczne i zaburzenia sposobu odczytywania informacji genetycznej mogą też być przyczyną zaburzeń towarzyszących chorobom psychicznym takim jak schizofrenia. We współpracy z psychologiem prof. Januszem Rybakowskim z Poznania i bioinformatykiem prof. Janem Komorowskim z Uniwersytetu w Uppsali planujemy stworzyć specyficzne dla mózgu ‘mapy obszarów regulatorowych’, aby szukać w nich zmian genetycznych skojarzonych ze schizofrenią”, mówi prof. Kamińska-Kaczmarek.
Nowa pracownia Instytutu Nenckiego dysponuje zestawem najnowocześniejszych przyrządów badawczych. Dotychczasową aparaturę, pozwalającą śledzić procesy ekspresji od jednego do kilku genów, uzupełniono m. in. o skaner mikromacierzy. Wyposażone w skaner urządzenie pozwala badać jednocześnie ekspresję dosłownie każdego genu człowieka. Innym cennym nabytkiem jest sprzęt do mikrodysekcji laserowej. Umożliwia on precyzyjne wycinanie interesujących badaczy fragmentów tkanek, a nawet pojedynczych komórek z tkanki. Zgromadzona aparatura jest na tyle precyzyjna, że do wyizolowania RNA i zbadania profilu ekspresji wszystkich genów wystarcza zaledwie 150 komórek.
Złożoność badań wymaga odpowiedniej obsługi informatycznej. Zajmuje się nią grupa informatyków, którzy nie tylko przetwarzają zgromadzone dane za pomocą zaadaptowanych metod, ale również konstruują własne algorytmy analiz, m.in. pozwalające ocenić, czy w danej komórce lek ma szansę zadziałać. Ponieważ zapis informacji o pojedynczym genomie lub całkowity opis reakcji w komórce może zajmować nawet pół terabajta, trwają prace nad uruchomieniem w Pracowni dużego serwera, pozwalającego na efektywne przetwarzanie takich ilości danych.
Centrum Badań Przedklinicznych i Technologii (CePT), w budowie którego uczestniczy Instytut Nenckiego, to największe przedsięwzięcie biomedyczne i biotechnologiczne w Europie Środkowo-Wschodniej. Budżet projektu wynosi ponad 388 mln zł, w tym 85% to wkład Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego. W ramach CePT powstaje zespół powiązanych laboratoriów środowiskowych integrujących działalność badawczą i wdrożeniową wielu instytucji naukowych tworzących Centrum Badawcze Ochota. Laboratoria te umożliwią prowadzenie badań podstawowych i przedklinicznych na najwyższym poziomie europejskim w zakresie analizy strukturalnej i funkcjonalnej białek, fizyko-chemii i nanotechnologii biomateriałów, biotechnologii molekularnej, instrumentalnego wspomagania technologii medycznych, patofizjologii i fizjologii, onkologii, genomiki, neurobiologii oraz chorób związanych ze starzeniem.
- Autor: al
- Odsłon: 2536
W Instytucie Rozwoju Wsi i Rolnictwa PAN odbyło się 22.04.13 seminarium, na którym prof. Andrzej Rosner przedstawiał wyniki badań dotyczących zróżnicowania przestrzennego obszarów wiejskich w Polsce.
Pytania, jakie zespół badawczy pod kierunkiem prof. Rosnera postawił, dotyczyły określenia obecnych biegunów obszarów wiejskich, położenia i charakterystyki wiejskich obszarów problemowych (czyli obszaru kumulacji barier rozwojowych), tendencji do wyrównywania się ich poziomu rozwoju, a także konsekwencji zróżnicowania poziomu obszarów wiejskich, m. in. dla zaludnienia.
Niebłahym problemem, z jakim zetknęli się badacze były niepełne dane statystyczne dotyczące gmin (mamy ich 2170), co rzutuje (od lat) na dokładność prac badawczych w tym obszarze. Dane dotyczące powiatów bowiem, z racji uśrednienia wyników ze wszystkich gmin go tworzących, nie odzwierciedlają sytuacji w najmniejszych jednostkach administracji państwa. Niemniej, na podstawie dostępnych danych można dość wiarygodnie nakreślić mapę obszarów problemowych w Polsce, odzwierciedlającą zarówno stan obecny, jak i tendencje zmian.
Wnioski w większości potwierdzają powszechną wiedzę o znacznie większej liczbie gmin problemowych na wschodzie kraju, choć obalają tezę, że linią graniczną jest Wisła. W rozkładzie obszarowym obszarów problemowych ciągle bardziej odzwierciedlają się granice zaborów niż podział kraju linią Wisły.
Innym zaskakującym wynikiem badań jest konstatacja, że obszary po PGR-owskie nie są skrajnie deficytowymi, jeśli patrzeć na nie z pozycji gminy, gdyż ich problemy „rozpływają się” statystycznie. (PGR-y zatrudniały ok. 0,5 mln ludzi, ok. 50% z tych, którzy stracili pracę, zyskało ją w majątkach po PGR-owskich, zatem realne bezrobocie wyniosło ok. 250 tys. osób, a w tym czasie w rolnictwie bezrobocie wynosiło ok. 1 mln osób. Bezrobocie po PGR-owskie było zatem istotne tylko w skali lokalnej i sublokalnej).
Interesująca dla badaczy była też zależność zamożności gminy od składu jej rady. Okazało się, że w gminach problemowych zwykle w składzie rady zasiadają rolnicy i nauczyciele, natomiast w tych najbogatszych (zwykle na zachodzie kraju) – ludzie aktywni społecznie, wykształceni, lokalna elita działaczy społecznych (w najgorszej pod względem wykształcenia gminie jest 30 osób z wyższym wykształceniem).
Znane negatywne zjawisko na tzw. ścianie wschodniej, czyli migracja młodych na zachód kraju i za granicę, skutkuje z kolei w Polsce północno-wschodniej zjawiskiem pozytywnym, bo zrównoważonym rynkiem pracy – zasoby siły roboczej, jakie tam pozostają, znajdują pracę na miejscu. Nie zaskakuje największa zasobność i wyposażenie gmin na zachodzie kraju (wyróżnia się tu wielkopolskie). Generalnie najbogatsze gminy skupione są wokół dużych miast (oprócz Łodzi, która nie wykształciła takiego obszaru) - tworzą one wianuszki największej zasobności.
Dynamika zmian wskazuje jednak na utrwalony podział kraju na obszary zamożne (zachód) i peryferyjne (wschód). Te ostatnie, mimo polityki spójności i niemałych środków unijnych skierowanych na wyrównywanie tych różnic, nie mogą dogonić obszarów zachodnich w rozwoju. Tym samym, postępuje proces silnego rozwarstwienia obszarów lepiej i mniej rozwiniętych. Innymi słowy - jak zauważył prof. Rosner – bogaci stają się coraz bogatsi, a biedni – biedniejsi.(al)
- Autor: ANNA LESZKOWSKA
- Odsłon: 2845
Celem krajowej strategii w zakresie nauki i szkolnictwa wyższego jest osiągnięcie w 2020 r. udziału nakładów na badania i rozwój na poziomie 1,7% PKB (aktualnie - 0,68%) oraz udziału osób z wyższym wykształceniem w populacji osób w wieku 30-34 lata na poziomie 45% (aktualnie - 33%).
Na posiedzeniu Komisji Edukacji, Nauki i Młodzieży (12.05.11) dotyczącym przygotowań i prac nad budowaniem strategii „Europa 2020" w obszarze polskiej oświaty, nauki i szkolnictwa wyższego, podsekretarz stanu w MNiSW - Maciej Banach, przedstawił cele krajowe strategii w zakresie nauki i szkolnictwa wyższego. Jest to głównie osiągnięcie w 2020 r. udziału nakładów na badania i rozwój na poziomie 1,7% PKB (aktualnie - 0,68%) oraz udziału osób z wyższym wykształceniem w populacji osób w wieku 30-34 lata na poziomie 45% (aktualnie - 33%).
Wśród działań mających na celu realizację ww. celów minister wymienił m.in.: realizację reform nauki oraz szkolnictwa wyższego, zwiększanie roli nakładów na B+R (badania i rozwój) w polityce gospodarczej rządu, zwiększenie inwestycji (także prywatnych) w obszarze badań i innowacji, zwiększanie dostępności do studiów wyższych oraz zwiększanie autonomii uczelni w opracowywaniu programów studiów.
Minister poinformował także, iż w okresie polskiej prezydencji w Radzie UE w 2011 r. położony zostanie szczególny nacisk na działania zmierzające do pełnego wykorzystania kapitału intelektualnego Europy.
W dyskusji posłowie zwrócili uwagę m.in. na: obawę braku wypełnienia kryteriów, zwłaszcza w obszarze finansowania badań i rozwoju; problem jakości kształcenia w oświacie i szkolnictwie wyższym; kwestię braku środków inwestycyjnych na badania i rozwój w małych i średnich przedsiębiorstwach.
- Autor: ANNA LESZKOWSKA
- Odsłon: 2634
>Obywatele Nauki przedstawili swoją opinię na temat projektu ustawy MAiC dotyczącego otwartości zasobów publicznych. Piszą w nim:
>Zakres zasobów publicznych
>
Na początek doprecyzowania wymaga zakres zasobów objętych ustawą. Jakkolwiek nauka to nie tylko publikacje, ale także patenty i dane naukowe, uważamy, że chociażby z powodu złożoności prawnej (na przykład dane z punktu widzenia prawa autorskiego traktowane są inaczej w Unii Europejskiej, a inaczej w Stanach Zjednoczonych) ustawa powinna objąć wyłącznie te pierwsze.
Doświadczenie środowiska naukowego pokazuje, że otwartość pozostałych zasobów najlepiej realizowana jest samoregulacją sektora nauki (np. otwarcie danych w krystalografii albo otwarcie patentów w farmakogenomice). Taką samoregulację w obszarach innych niż publikacje warto promować, chociażby przez wspieranie inicjatyw poszczególnych jednostek lub środowisk.
>
Przeniesienie praw ‐ aktualne praktyki publikowania prac naukowych
>tradycyjnym zamkniętym czasopiśmie oraz w czasopiśmie, które za darmo udostępnia artykuły.
>
Nabycie praw autorskich przez instytucję zatrudniającą nie zawsze jest możliwe w pierwszym przypadku, kiedy zazwyczaj dochodzi do przekazania całości praw majątkowych wydawcy czasopisma. Dla odmiany, w przypadku otwartych czasopism, zazwyczaj nie dochodzi do przeniesienia praw, a utwór (publikacja) udostępniana jest na otwartej licencji (najczęściej Creative Commons Uznanie Autorstwa). W tym przypadku proces nabywania praw autorskich przez podmiot posiadający zasób publiczny jest wtórny i niepotrzebny.
Uważamy, że ustawa powinna dopuszczać inne niż opisywane sposoby udostępnienia zasobu publicznego, w celu zachowania spójności ze szczególnymi praktykami środowiska naukowego. Np. opublikowanie artykułu w czasopiśmie Open Access (z licencją Creative Commons Uznanie Autorstwa oraz dowolnym właścicielem majątkowych praw autorskich) zwalniałoby podmiot posiadający zasób publiczny z obowiązku wykupienia praw.
Innym elementem dyskusyjnym jest dziedzinowa specyfika praktyk publikowania. W pewnych obszarach nauki otwartość publikacji jest oczywista, w innych nie tylko się nie zdarza, ale także brak jest mechanizmów umożliwiających wprowadzanie zasady otwartości u większości wydawców z
>danego obszaru. Natomiast specyficzna sytuacja danej dziedziny nie ma nic wspólnego z jednostką, w której prowadzone są badania (i której pracownicy mogą prowadzić badania w szerokim spektrum dziedzinowym), dlatego też nie popieramy wyłączenia zasobów spod ustawy na poziomie instytucji.
>
Kontekst ustawy ‐ dyskusja nt. otwartości publikacji naukowych
>Projekt ustawy MAiC pojawia się w szczególnym dla środowiska naukowego momencie. W obecnej chwili na całym świecie trwa dyskusja na temat otwartości publikacji naukowych i związanych z tym zmian w procesie ich wydawania. Dwa zeszłoroczne wydarzenia szczególnie nas dotyczą. Jednym z nich była zapowiedź KE wprowadzenia wymogu otwartości prac naukowych powstałych w wyniku badań finansowanych z programu Horizon 2020. Drugim była śmiała decyzja Wielkiej Brytanii o wprowadzeniu takiego wymogu dla projektów finansowanych przez Research Councils UK oraz zapowiedź objęcia tym samym obowiązkiem pozostałych publikacji w 2014 roku.
>
Zalecenia KE nie precyzują modelu udostępniania publikacji naukowych ‐ wspominają tylko o dwóch możliwych rozwiązaniach. Jedno polega na publikowaniu w czasopismach z wolnym dostępem lub wykupywaniu takiej opcji dla danego artykułu w czasopismach, które nie oferują swobodnego dostępu do artykułów (tzw. Gold Open Access). Drugi sposób sprowadza się do
>deponowania niesformatowanego artykułu w wersji po recenzji (postprint) w repozytoriach instytucjonalnych, często po upływie embargo określonego ogólną polityką wydawcy (tzw. Green Open Access). Oba modele są w bardzo ogólnych ramach zgodne z założeniami ustawy MAiC.
>
Koszty otwartości
>Z punktu widzenia możliwości ponownego wykorzystania utworu oraz w celu zachowania spójności prawnej wydawałoby się, że ustawa powinna faworyzować model złoty, tj. udostępnianie prac naukowych polskich badaczy poprzez otwarte czasopisma lub opcję "Open Access" w czasopismach objętych subskrypcją. Jednakże przykład Wielkiej Brytanii, gdzie dopuszcza się prawie wyłącznie ten sposób udostępniania, pokazuje, że ten model, jakkolwiek z gruntu lepszy, jest w tej chwili zbyt kosztowny.
>Koszty publikacji w modelu otwartego dostępu są wciąż bardzo wysokie, nawet dla kraju z tak wysokim poziomem finansowania nauki jak Wielka Brytania. Wobec tego uważa się, że dopóki ogólnoświatowy system wydawniczy nie zreformuje sposobów naliczania opłat, repozytoryjny model udostępniania zasobów jest znacząco tańszy. M. in. dlatego też brytyjski parlament po kilku miesiącach obowiązywania nowych regulacji, pod naporem ich krytyki, rozpoczął kolejne konsultacje społeczne dotyczące otwartości zasobów naukowych.
Należy jednak pamiętać, że proces otwierania publikacji naukowych rozpoczął się na dobre i pewne zmiany są nieodwracalne. Należy się spodziewać, że zarówno rachunek ekonomiczny, jak i oczekiwania społeczeństwa wspierać będą coraz większą otwartość zasobów publicznych. Wobec tego ustawa powinna zawierać mechanizm ewaluacji szczegółowych warunków udostępniania zasobu po pewnym czasie od jego udostępnienia tak, aby wprowadzić mechanizm zwiększania kompatybilności prawnej zasobów już udostępnionych z zasobami, które zostaną udostępnione na nowych zasadach. Innymi słowy, cykliczna ewaluacja ma na celu stopniowe zwiększanie zakresu otwartości zasobów publicznych do wspólnego poziomu udostępnienia na licencji Creative Commons Uznanie Autorstwa.
>
>Podsumowanie
>
>Z uwagi na powyższe uważamy, że ustawa o otwartości zasobów publicznych powinna preferować model, w którym:
- istnieje mechanizm embargo, pozwalający na udostępnienie zasobu z opóźnieniem czasowym (6 miesięcy dla publikacji naukowych), ale także mechanizm re‐ewaluacji warunków udostępnienia w celu stopniowego zwiększania otwartości.
Tekst z odnośnikami dostępny na stronie ON - http://obywatelenauki.pl/wp-content/uploads/2013/01/Komentarz-ON-ustawa-o-otwartos%CC%81ci-zasobo%CC%81w_MAiC.pdf
>